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利用UGC攻克技术难题 WeGene加速解读基因秘密

发布时间:2017-05-26 16:44:37  来源:互联网

5月25日电 随着基因检测在遗传病检测、新药研发、肿瘤诊断及医治、生物多样性保护等多领域的利用,其价值也逐步取得大众认可。作为1个兼具技术潜力和市场前景、产业链完全同时又取得国家支持的产业,基因检测赢得了资本与创业者的青睐。

国内领先的个人基因组服务公司——WeGene是1家致力于消费级基因数据解读与个性化健康服务的创业公司。在IT基础设施搭建上,WeGene采取UCloud研发的通用计算服务不但攻克了技术困难,而且极大缩短了开发周期,下降了运维本钱,使公司能够更加专注于业务本身,提高解读基因的效力。

个人基因解读开辟者

基因检测是指通过血液、其他体液或细胞对被测者的DNA份子进行检测,并分析被检测者所含致病基因、疾病易感性基因等情况的1种技术,可以诊断疾病, 预测疾病风险,还可以分析祖源成份,解析运动基因。

相比人类基因缓慢的进化速度,基因组测序技术的发展在近210年里突飞猛进,已成为全球大趋势。由于各国扶持**加码和大公司大资本布局基因检测,因此2017年被业内认为是全部产业爆发的临界点。

今年1月,国家发展改革委正式印发《“1035”生物产业发展计划》,在发展目标中提到,通过生物产业的发展,基因检测能力覆盖诞生人口50%以上,社会化检测服务受众大幅增加。另外,中投顾问发布的《2017⑵021年中国基因检测行业投资分析及前景预测报告》预计,中国基因测序市场增长率超20%,为增长最快国家之1。2017年,我国基因检测行业市场范围将到达133亿元,未来5年年均复合增长率约为36.86%,2021年中国市场范围将到达421亿元。

目前,基因检测行业蓄势爆发的状态不但加速大公司布局,同时也吸引大批创业者加入。WeGene是1家成立于2014年的个人基因组服务供应商,通太高通量基因检测技术,向用户提供祖源分析、运动基因、营养代谢、健康风险等信息,同时构建起基因组数据的开放平台,支持和鼓励第3方基因利用的发展。自2015年底产品发布以来,WeGene已为数万用户提供服务。

近期,WeGene宣布与全球最大基因组学研发机构——华大基因旗下子公司华大科技达成战略合作,将共同推动人类基因组研究和利用领域的发展,并为客户提供更可靠的数据和更优良的个性化服务。双方在技术研发、产品服务、市场活动等方面的长时间深入合作,势必进1步巩固和发展WeGene在个人基因检测领域的开辟者地位。

微解读平台的技术困扰

但是,每位成功者背后都要经历不同的曲折与探索,WeGene也不例外。早期,在WeGene开放给社区开发者自行创建第3方基因解读的“微解读”平台上,开发者们只能通过单个的基因位点去解读性状。但由于许多复杂性状都是由多位点决定的,所以单位点的解读方式缺少充分的公道性。

不过,想要在微解读中支持对多个位点组合的情况进行分析仍然比较复杂,由于对不同的基因解读项目,其解读规则、算法均不相同,很难通过用户图形界面去创建。当微解读功能被限制时,开发者们必须通过更加复杂的开放API进行利用开发,WeGene也收到了“开放平台API的使用太复杂、写个基因分析利用还要弄数据库、Web框架怎样用?能不能只写个脚本来分析?”等1系列来自生物信息工程师们的抱怨。

这类“复杂的研发模式”严重影响了社区开发者的开发意愿。开发者们必须将基因解读算法改写成服务端程序,进行部署上线,再通过API从 WeGene 的数据库中拉取数据并为用户进行计算,最后将计算结果返回给用户并存入数据库中。

这类研发模式极大增加了开发周期和运维本钱,社区开发者需要斟酌服务器容量、存储容量、网络带宽、架构伸缩性等多重问题,很多时候没法专注于业务本身,而WeGene也需要投入大量精力、资源去帮助开发者们逐一解决基础架构和计算本钱的问题。

UCloud助力WeGene平台升级

通用计算是由国内领先的云计算提供商UCloud研发的散布式大范围并行计算服务,是UCloud基于UGC高效并行计算能力搭建的对象存储图片处理服务。UGC能够充分利用UCloud1个区域内的多个可用区的UHost,提供基于UCloud云平台的高可用性、高安全性和高功能性,同时满足图片处理、机器学习、大数据处理、生物数据分析等领域的计算需求。

UGC可提供10万核级的并发计算能力,系统自动完成任务调度,并按实际使用量计费。在使用UCloud提供的UGC服务以后,开发者只需要上传已被抽象为计算函数的各种基因解读算法代码,WeGene 会通过自动化构建进程将这些算法打包到UGC的算法仓库中。通过调用UGC的API,使这些函数能够在UGC平台上被远程履行并实时返回运行结果。这1进程将开发者从底层架构中解放了出来,使他们能够专注于业务的实现。

作为Serverless服务,UGC能够根据WeGene的要求量,自动化实现服务的伸缩计算和资源的调度分配,进行完全自动化、弹性的扩大。同时,根据UGC“pay-as-you-go”的收费原则,还最大程度节俭了WeGene的资源使用本钱。

伴随科技进步,基因工程已进入普通百姓的生活,人们只需简单操作就可以得到与本身紧密相干的基因解答。1直以来,UCloud积极与基因工程、航天技术等前沿科技企业展开合作,推动科技研究和利用市场实现快速落地,为人类更深入地了解自己与世界服务。

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